Стратегија редовног праћења и контроле квалитета вода подразумева процену хемијског и микробиолошког статуса отпадних и површинских вода, а добијени податци пружају увид у реални статус отпадних вода.
 У току реализације Пројекта вршено је 24 – часовно праћење квалитета отпадне воде једанпут месечно у току трајања Пројекта. Истовремено је вршено и узимање узока отпадне воде у близини испуста отпадне воде Дунава једном месечно. Поред основних физичко – хемијских параметара програмом су обухваћени и микробиолошки параметри чије присуство указује на природу и интензитет загађења.
На основу добијених података може се закључити да површинска вода Дунава у близини црпне станице ГЦ2 припада IV или V класи у свим серијама мерења, што указује на лош стстус воде Дунава на територији Града Новог Сада. Резултати микробиолошке анализе свих посматраних параметара показују значајне варијације у различитим узорцима и површинска вода припада III или IV класи.  
Реализацијом Пројекта обезбеђен је сет података неопходних за пројектовање и планирање мониторинга вода и приступање интегралном управљању воденим током Дунава и обогаћена је база података, неопходна за пројектовање будућег система за пречишћавање отпадних вода.